Bei gentechnologischen Eingriffen an Tieren wird diesen nach bestimmten wissenschaftlichen Erfordernissen entweder ein Gen ihres Erbguts ausgeschaltet (Knock-out-Tiere), durch ein ähnliches ersetzt (Knock-in-Tiere). Mittels Integration artfremder Gene (transgene Tiere) lassen sich natürliche Fortpflanzungsschranken zwischen den Arten überwinden und Tiere beinahe beliebig künstlich verändern.

Die Gentechnologie stellt eines der umstrittensten Forschungsgebiete dar. Insbesondere die Verwendung von Tieren wird kontrovers diskutiert.

Gentechnisch veränderte Tiere kommen in erster Linie in Tierversuchen zum Einsatz, wofür man sie gezielt mit spezifischen, oftmals pathologischen Zuständen versieht und auf diese Weise zu vermeintlich perfekten (Krankheits-)Modellen modifiziert. Ein anderes Einsatzgebiet ist das sogenannte Gene-Pharming, bei dem tierliche Organismen zur Gewinnung medikamentöser Substanzen gewissermassen als biotechnische Produktionssysteme (Bioreaktoren) verwendet werden. Oftmals werden den Tieren dabei artfremde Gene eingebracht und somit sogenannte transgene Tiere erzeugt. Diese sollen beispielsweise für die artübergreifende Übertragung von Organen eingesetzt werden (Xenotransplantation).

Ausserdem wird mittels transgener Forschung versucht, besonders resistente, produktive oder an bestimmte Haltungsformen angepasste Tiere zu schaffen, um die Nahrungsmittelgewinnung zu steigern – beispielsweise in der Landwirtschaft, der Nutzfischzucht oder der pestizidlosen Insektenbekämpfung. Transgenen Tiere werden zudem in der Grundlagenforschung zur Untersuchung der Funktion von Genen eingesetzt. Keine eigentliche gentechnische Methode, damit aber eng verknüpft, ist letztlich das Klonen, bei dem aus den Körperzellen eines Tieres durch ungeschlechtliche Vermehrung identische Nachkommen hergestellt werden. Das Verfahren soll dereinst insbesondere ein effizientes Kopieren besonders wertvoller Individuen als Basis für die Zucht genmanipulierter Tiere ermöglichen.

Neben ethischen Bedenken über die grundsätzliche Berechtigung des Menschen, Tiere in widernatürlicher Weise nach seinen Vorstellungen zu verändern, ist die Verwendung transgener Tiere auch unter tierschützerischen Gesichtspunkten problematisch. Infolge der geringen Erfolgsquote verursacht die aufwändige Herstellung (wie auch das Klonen) regelmässig einen enormen Tierverbrauch (Ausschusstiere). Überdies muss davon ausgegangen werden, dass die Veränderungen im Organismus für viele transgene Tiere eine Reihe von für ihre Gesundheit und ihr Wohlbefinden abträgliche Nebenwirkungen zur Folge haben sowie Schmerzen und Leiden verursachen.

Bei Versuchstieren stellt die Schädigung (in Form spezifischer Krankheitsdispositionen etc.) ja gerade das Ziel des Eingriffs ins tierliche Genom dar, sodass in vielen Fällen von vorsätzlichen Defekt- oder Qualzuchten gesprochen werden muss. Art. 120 Abs. 2 BV verpflichtet den Bund, der Würde der Kreatur im Hinblick auf Missbräuche in der Gentechnologie Rechnung zu tragen.

Die Erzeugung, die Zucht, die Haltung und der Handel mit gentechnisch veränderten Tieren erfordern eine kantonale Bewilligung (Art. 11 Abs. 1 TSchG). Werden die Tiere im genannten Rahmen zum Zweck der Forschung, der Therapie oder der Diagnostik verwendet, richtet sich die kantonale Bewilligung nach Art. 19 Abs. 1 TSchG. In den übrigen Fällen müssen für das Bewilligungsverfahren die Bestimmungen über Tierversuche und jene des Gentechnikgesetzes (GTG) berücksichtigt werden.

Dieses statuiert in Art. 8 GTG die Pflicht zur Achtung der kreatürlichen Würde von Pflanzen und Tieren und leitet daraus die zwingende Vornahme einer Güterabwägung ab.

Dabei muss die Schwere der Beeinträchtigung der jeweiligen Massnahme für die verwendeten Lebewesen gegen ihre Bedeutung für die Wahrung schutzwürdiger Interessen des Menschen abgewogen werden. Als solche kommen insbesondere die Gesundheit von Mensch und Tier, die Sicherung einer ausreichenden Ernährung, die Verminderung ökologischer Beeinträchtigungen oder die Wissensvermehrung in Betracht.